La aparición de cepas resistentes a los fármacos se desarrolla cuando los pacientes abandonan el protocolo del tratamiento al cual están sometidos, debido a que da a la bacteria tiempo suficiente para evolucionar hacia una forma resistente, la cual puede ser propagada a otros.
Según la organización mundial de la salud el 5% de los ocho millones de casos de tuberculosis que aparecen cada año se deben a cepas de Mtb resistentes a los fármacos isoniazida y la rifampicina, es decir tuberculosis multifarmacorresistente (TB-MFR), los cuales tienen un tratamiento de más de dos años con fármacos antituberculosos de segunda línea que causan graves efectos secundarios además de ser mucho más caros que el tratamiento estándar.
Asimismo apareció otra forma más peligrosa todavía aunque menos habitual, la tuberculosis extremadamente resistente a los fármacos (TB-XRF), la cual es resistente a todos los fármacos de segunda línea.
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